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替换大于某个值的 Python NumPy 数组的所有元素

我有一个 2D NumPy 数组,想用 255.0 替换其中大于或等于阈值 T 的所有值。据我所知,最基本的方法是:

shape = arr.shape
result = np.zeros(shape)
for x in range(0, shape[0]):
    for y in range(0, shape[1]):
        if arr[x, y] >= T:
            result[x, y] = 255

最简洁和最pythonic的方法是什么?是否有更快(可能不那么简洁和/或不那么 Pythonic)的方式来做到这一点?

这将是人体头部 MRI 扫描的窗口/水平调整子程序的一部分。 2D numpy 数组是图像像素数据。

有关详细信息,请查看 this intro to indexing

k
kmario23

我认为最快和最简洁的方法是使用 NumPy 的内置 Fancy 索引。如果您有一个名为 arrndarray,则可以将所有元素 >255 替换为值 x,如下所示:

arr[arr > 255] = x

我用 500 x 500 随机矩阵在我的机器上运行这个,用 5 替换所有 >0.5 的值,平均耗时 7.59 毫秒。

In [1]: import numpy as np
In [2]: A = np.random.rand(500, 500)
In [3]: timeit A[A > 0.5] = 5
100 loops, best of 3: 7.59 ms per loop

请注意,这会修改现有数组 arr,而不是像在 OP 中那样创建 result 数组。
有没有办法通过不修改 A 而是创建一个新数组来做到这一点?
如果我们想更改给定 n 的倍数的索引值,例如 a[2],a[4],a[6],a[8]..... 对于 n=2,我们会怎么做?
注意:如果数据在 python 列表中,这不起作用,它必须在 numpy 数组中(np.array([1,2,3]
是否可以使用此索引无条件地更新每个值?我想这样做:array[ ? ] = x,将每个值设置为 x。其次,是否可以执行多个条件,例如:array[ ? ] = 255 if array[i] > 127 else 0 我想优化我的代码,并且目前正在使用列表理解,这比这种花哨的索引要慢得多。
a
askewchan

由于您实际上想要一个不同的数组,即 arr 其中 arr < 255255,否则可以简单地完成:

result = np.minimum(arr, 255)

更一般地,对于下限和/或上限:

result = np.clip(arr, 0, 255)

如果您只想访问超过 255 的值或更复杂的值,@mtitan8 的答案更笼统,但 np.clipnp.minimum(或 np.maximum)对于您的情况更好更快:

In [292]: timeit np.minimum(a, 255)
100000 loops, best of 3: 19.6 µs per loop

In [293]: %%timeit
   .....: c = np.copy(a)
   .....: c[a>255] = 255
   .....: 
10000 loops, best of 3: 86.6 µs per loop

如果您想就地进行(即修改 arr 而不是创建 result),您可以使用 np.minimumout 参数:

np.minimum(arr, 255, out=arr)

或者

np.clip(arr, 0, 255, arr)

out= 名称是可选的,因为参数的顺序与函数定义的顺序相同。)

对于就地修改,布尔索引加快了很多(不必单独制作然后修改副本),但仍然不如 minimum 快:

In [328]: %%timeit
   .....: a = np.random.randint(0, 300, (100,100))
   .....: np.minimum(a, 255, a)
   .....: 
100000 loops, best of 3: 303 µs per loop

In [329]: %%timeit
   .....: a = np.random.randint(0, 300, (100,100))
   .....: a[a>255] = 255
   .....: 
100000 loops, best of 3: 356 µs per loop

为了比较,如果你想用最小值和最大值来限制你的值,如果没有 clip,你将不得不这样做两次,比如

np.minimum(a, 255, a)
np.maximum(a, 0, a)

或者,

a[a>255] = 255
a[a<0] = 0

非常感谢您的完整评论,但是在这种情况下,np.clip 和 np.minimum 似乎不是我需要的,在 OP 中,您会看到阈值 T 和替换值(255)不一定相同数字。但是,我仍然为彻底性投了赞成票。再次感谢。
如果我们想更改给定 n 的倍数的索引值,例如 a[2],a[4],a[6],a[8]..... 对于 n=2,我们会怎么做?
@lavee_singh,为此,您可以使用切片的第三部分,这通常被忽略:a[start:stop:step] 为您提供从 startstop 的数组元素,但不是每个元素,它只需要每个 step(如果忽略,默认为 1)。因此,要将所有偶数设置为零,您可以执行 a[::2] = 0
谢谢我需要像这样的东西,即使我知道它适用于简单的列表,但我不知道它是否或如何适用于 numpy.array。
令人惊讶的是,在我的调查中,a = np.maximum(a,0)np.maximum(a,0,out=a) 快。
B
Bart

我认为您可以使用 where 函数最快地实现这一点:

例如,在 numpy 数组中查找大于 0.2 的项目并将其替换为 0:

import numpy as np

nums = np.random.rand(4,3)

print np.where(nums > 0.2, 0, nums)

S
Shital Shah

另一种方法是使用 np.place 进行就地替换并与多维数组一起使用:

import numpy as np

# create 2x3 array with numbers 0..5
arr = np.arange(6).reshape(2, 3)

# replace 0 with -10
np.place(arr, arr == 0, -10)

这是我使用的解决方案,因为这是我遇到的第一个。我想知道这与上面选择的答案是否有很大区别。你怎么看?
在我非常有限的测试中,我上面带有 np.place 的代码运行速度比接受的答案的直接索引方法慢 2 倍。这令人惊讶,因为我原以为 np.place 会更加优化,但我猜他们可能在直接索引上投入了更多工作。
在我的情况下,np.place 与内置方法相比也较慢,尽管 this 评论中声称相反。
l
lev

您可以考虑使用 numpy.putmask

np.putmask(arr, arr>=T, 255.0)

这是与 Numpy 的内置索引的性能比较:

In [1]: import numpy as np
In [2]: A = np.random.rand(500, 500)

In [3]: timeit np.putmask(A, A>0.5, 5)
1000 loops, best of 3: 1.34 ms per loop

In [4]: timeit A[A > 0.5] = 5
1000 loops, best of 3: 1.82 ms per loop

我已经测试了使用上限 0.5 而不是 5 的代码,并且 indexingnp.putmask 好大约两倍。
D
Dmitriy

您还可以使用 &|(和/或)以获得更大的灵活性:

5 到 10 之间的值:A[(A>5)&(A<10)]

大于 10 或小于 5 的值:A[(A<5)|(A>10)]


C
Chicodelarose

让我们假设您有一个 numpy 数组,其中包含从 0 一直到 20 的值,并且您想用 0 替换大于 10 的数字

import numpy as np

my_arr = np.arange(0,21) # creates an array
my_arr[my_arr > 10] = 0 # modifies the value

但是请注意,这将修改原始数组以避免覆盖原始数组尝试使用 arr.copy() 创建原始数组的新分离副本并改为修改它。

import numpy as np

my_arr = np.arange(0,21)
my_arr_copy = my_arr.copy() # creates copy of the orignal array

my_arr_copy[my_arr_copy > 10] = 0 

d
dougeemetcalf

np.where() 效果很好!

np.where(arr > 255, 255, arr)

例子:

FF = np.array([[0, 0],
              [1, 0],
              [0, 1],
              [1, 1]])
np.where(FF == 1, '+', '-')
Out[]: 
array([['-', '-'],
       ['+', '-'],
       ['-', '+'],
       ['+', '+']], dtype='<U1')

np.where 是一个很好的解决方案,它不会改变所涉及的数组,并且它也直接与 pandas 系列对象兼容。真的帮了我。