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如何在不重新启动 R 的情况下卸载包

我想卸载一个包而不必重新启动 R(主要是因为在我尝试不同的、冲突的包时重新启动 R 会令人沮丧,但可以想象这可以在程序中使用一个函数然后使用另一个函数——尽管命名空间对于这种用途,引用可能是一个更好的主意)。

?library 没有显示任何可以卸载包的选项。

有一个 detach 可以卸载包的 suggestion,但以下都失败:

detach(vegan)

分离错误(素食主义者):名称参数无效

detach("vegan")

分离错误(“vegan”):名称参数无效

那么如何卸载包呢?

@Iterator:库是您找到包的位置。 (它们不是同义词。).libPaths() 为您提供系统上所有库的路径。
@Richie:谢谢。我在 R 上下文中得到了这一点,但我觉得 R 的使用以两种方式使术语 library 重载或模棱两可:1 - 它与其他地方的 library 用法不同,2 - 该术语在 { 3} 加载...不是一个库,而是一个包。
@Iterator你是对的。这是我需要的答案,在谷歌搜索时,我使用了“与 require 相反”或“撤消 library”,因为这是我通常加载“包”的方式。因此,正确命名它会使问题更正确,但也更难找到。

G
Gaffi

试试这个(有关详细信息,请参阅 ?detach):

detach("package:vegan", unload=TRUE)

可以同时加载一个包的多个版本(例如,如果您在不同的库中有一个开发版本和一个稳定版本)。为确保所有副本均已分离,请使用此功能。

detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE)
{
  if(!character.only)
  {
    pkg <- deparse(substitute(pkg))
  }
  search_item <- paste("package", pkg, sep = ":")
  while(search_item %in% search())
  {
    detach(search_item, unload = TRUE, character.only = TRUE)
  }
}

用法是,例如

detach_package(vegan)

或者

detach_package("vegan", TRUE)

@hadley 确实。未引用的版本似乎不适用于最新版本的 R。我已经更新了 kohske 的答案以反映您的解决方案。
@AriB.Friedman,有没有办法一次分离多个包裹?当我加载说 Hmisc 它还加载 survivalsplines 有没有办法一起卸载这些组?
> detach("package:MASS", unload=TRUE) Error in detach("package:MASS", unload = TRUE) : invalid 'name' argument
如果您收到无效的“名称”参数错误,请添加 character.only=TRUE。
> detach("package:kriging", unload=TRUE, character.only=T) detach("package:kriging", unload = TRUE, character.only = T) 错误:'name' 参数无效。但是@rstober 解决方案确实有效!
d
dpel

您还可以使用 unloadNamespace 命令,如下所示:

unloadNamespace("sqldf")

该函数在卸载之前分离命名空间。


如果@kohske 的解决方案也对你不起作用,这对我有用
K
Konrad

您可以取消选中 RStudio(包)中的复选框按钮。

https://i.stack.imgur.com/A7TOO.png


值得补充的是,这会导致执行 detach("package:packageToUnload", unload=TRUE) 命令,并且与 already proposed solution. 没有什么不同
此外,如果包是使用 rstudio install & restart 加载的(错误?),则不会检查该框。但是您可以检查并取消选中它。
M
Mehrad Mahmoudian

我尝试了 kohske 写的答案,但我又遇到了错误,所以我做了一些搜索,发现这对我有用(R 3.0.2):

require(splines) # package
detach(package:splines)

或者也

library(splines)
pkg <- "package:splines"
detach(pkg, character.only = TRUE)

你得到什么错误?因为它对我有用(R 3.1)。第二个解决方案是相同的@koshke 的答案,只是没有卸载(所以包命名空间没有卸载)。
我得到了同样的错误。关键是我给出了与@Kohske 相同的解决方案,但包名称不同。它只是意味着如果您使用 package: 那么它应该可以正常工作,但是如果您不使用它,您将得到与问题中相同的错误。 ;)
等等......所以你试图卸载一个甚至没有加载的包?你很惊讶你有一个错误?
@Gregor,在按下否决按钮之前,请您再阅读一遍所有内容吗?!!!函数 require() 和 library() 几乎做同样的事情(至少在这种情况下),所以包已经加载了!!我对你缺乏信息概不负责!!
d
dca

当您在脚本之间来回切换时,有时可能只需要卸载一个包。这是一个简单的 IF 语句,可以防止在您尝试卸载当前未加载的包时出现警告。

if("package:vegan" %in% search()) detach("package:vegan", unload=TRUE) 

在脚本顶部包含此内容可能会有所帮助。

我希望这会让你开心!


N
NelsonGon

detach(package:PackageName) 有效,无需使用引号。


M
Matthew J. Oldach

您可以try 使用 unloadNamespace() 删除所有想要删除的包(以及它带来的所有依赖项),但 内存占用 仍将持续存在。不,detach("package:,packageName", unload=TRUE, force = TRUE) 也不起作用。

从全新的控制台或 Session > Restart R 使用 pryr 包检查内存:

pryr::mem_used()

# 40.6 MB   ## This will depend on which packages are loaded obviously (can also fluctuate a bit after the decimal)

检查我的sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1   pryr_0.1.4       magrittr_1.5     tools_3.6.1      Rcpp_1.0.3       stringi_1.4.3    codetools_0.2-16 stringr_1.4.0   
[9] packrat_0.5.0   

让我们加载 Seurat 包并检查新的内存占用

library(Seurat)
pryr::mem_used()

# 172 MB    ## Likely to change in the future but just to give you an idea

让我们使用 unloadNamespace() 删除所有内容:

unloadNamespace("Seurat")
unloadNamespace("ape")
unloadNamespace("cluster")
unloadNamespace("cowplot")
unloadNamespace("ROCR")
unloadNamespace("gplots")
unloadNamespace("caTools")
unloadNamespace("bitops")
unloadNamespace("fitdistrplus")
unloadNamespace("RColorBrewer")
unloadNamespace("sctransform")
unloadNamespace("future.apply")
unloadNamespace("future")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("ggrepel")
unloadNamespace("ggridges")
unloadNamespace("ggplot2")
unloadNamespace("gridExtra")
unloadNamespace("gtable")
unloadNamespace("uwot")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("reticulate")
unloadNamespace("rsvd")
unloadNamespace("survival")
unloadNamespace("Matrix")
unloadNamespace("nlme")
unloadNamespace("lmtest")
unloadNamespace("zoo")
unloadNamespace("metap")
unloadNamespace("lattice")
unloadNamespace("grid")
unloadNamespace("httr")
unloadNamespace("ica")
unloadNamespace("igraph")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("KernSmooth")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("MASS")
unloadNamespace("pbapply")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("png")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("RcppAnnoy")
unloadNamespace("tidyr")
unloadNamespace("dplyr")
unloadNamespace("tibble")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("tidyselect")
unloadNamespace("purrr")
unloadNamespace("htmlwidgets")
unloadNamespace("htmltools")
unloadNamespace("lifecycle")
unloadNamespace("pillar")
unloadNamespace("vctrs")
unloadNamespace("rlang")
unloadNamespace("Rtsne")
unloadNamespace("SDMTools")
unloadNamespace("Rdpack")
unloadNamespace("bibtex")
unloadNamespace("tsne")
unloadNamespace("backports")
unloadNamespace("R6")
unloadNamespace("lazyeval")
unloadNamespace("scales")
unloadNamespace("munsell")
unloadNamespace("colorspace")
unloadNamespace("npsurv")
unloadNamespace("compiler")
unloadNamespace("digest")
unloadNamespace("R.utils")
unloadNamespace("pkgconfig")
unloadNamespace("gbRd")
unloadNamespace("parallel")
unloadNamespace("gdata")
unloadNamespace("listenv")
unloadNamespace("crayon")
unloadNamespace("splines")
unloadNamespace("zeallot")
unloadNamespace("reshape")
unloadNamespace("glue")
unloadNamespace("lsei")
unloadNamespace("RcppParallel")
unloadNamespace("data.table")
unloadNamespace("viridisLite")
unloadNamespace("globals")

现在检查 sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tools_3.6.1       stringr_1.4.0     rstudioapi_0.10   pryr_0.1.4        jsonlite_1.6      gtools_3.8.1      R.oo_1.22.0      
 [8] magrittr_1.5      Rcpp_1.0.3        R.methodsS3_1.7.1 stringi_1.4.3     plyr_1.8.4        reshape2_1.4.3    codetools_0.2-16 
[15] packrat_0.5.0     assertthat_0.2.1 

检查内存占用:

pryr::mem_used()

# 173 MB

Link to screen-cast demonstration


t
tjebo

另一种选择是

devtools::unload("your-package")

这显然也处理带有 unloadNamespace()issue of registered S3 methods that are not removed


我一直在尝试分离 formula.tools。这是唯一对我有用的方法,至少在恢复所述包对 as.character 的影响方面。谢谢!!
M
Matifou

另请注意,您只能使用 unload() 一次。如果您第二次使用它而不重新运行 library(),您将收到信息量不大的错误消息 invalid 'name' argument

library(vegan)
#> Loading required package: permute
#> Loading required package: lattice
#> This is vegan 2.5-6
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
#> Error in detach("package:vegan", unload = TRUE): invalid 'name' argument

reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 5 月 9 日创建


K
Konrad

我想添加一个替代解决方案。该解决方案不会直接回答您关于卸载包的问题,但是恕我直言,它提供了一种更简洁的替代方案来实现您想要的目标,据我所知,它广泛关注避免名称冲突和尝试不同的功能,如所述:

主要是因为在我尝试不同的、有冲突的包时重新启动 R 令人沮丧,但可以想象,这可以在程序中使用一个函数,然后使用另一个函数——尽管命名空间引用对于这种用途可能是一个更好的主意

解决方案

通过 withr 包提供的功能 with_package 提供了以下可能性:

将包附加到搜索路径,执行代码,然后从搜索路径中删除包。但是,包命名空间并未卸载。

例子

library(withr)
with_package("ggplot2", {
  ggplot(mtcars) + geom_point(aes(wt, hp))
})
# Calling geom_point outside withr context 
exists("geom_point")
# [1] FALSE

示例中使用的 geom_point 无法从全局命名空间访问。我认为这可能是比加载和卸载包更清洁的冲突处理方式。


R
Rohit Mishra

只需转到 OUTPUT 窗口,然后单击 Packages 图标(它位于 Plot 和 Help 图标之间)。从您要卸载的包中删除“勾选/复选标记”。

要再次使用该包装,只需在包装前添加一个“勾选或复选标记”或使用:

library (lme4)

除非您有自己的自定义库路径,否则不会。它没有出现在“包”下,所以你必须做上述方法
p
polkas

与@tjebo 答案连接。

TL;DR
请使用 pkgload:::unload 而不是 devtools::unload,因为它们是相同的功能(1 到 1),而 pkgload 是一个更轻量级的包(nr 个依赖项)。 devtools 只需重新导出 pkgload:::unload 函数。

不幸的是,devtools 是一个巨大的依赖项(因为 devtools 有很多自己的依赖项),它更具开发阶段的针对性。因此,如果您想在自己的包中使用 unload 函数或者您关心库大小,请记住使用 pkgload:::unload 而不是 devtools::unloaddevtools 只需重新导出 pkgload:::unload 函数。

请检查devtools::unload函数的页脚以快速确认重新导出或转到github repo

> devtools::unload
function (package = pkg_name(), quiet = FALSE) 
{
    if (package == "compiler") {
        oldEnable <- compiler::enableJIT(0)
        if (oldEnable != 0) {
            warning("JIT automatically disabled when unloading the compiler.")
        }
    }
    if (!package %in% loadedNamespaces()) {
        stop("Package ", package, " not found in loaded packages or namespaces")
    }
    unregister_methods(package)
    unloaded <- tryCatch({
        unloadNamespace(package)
        TRUE
    }, error = function(e) FALSE)
    if (!unloaded) {
        unload_pkg_env(package)
        unregister_namespace(package)
    }
    clear_cache()
    unload_dll(package)
}
<bytecode: 0x11a763280>
<environment: namespace:pkgload>